BIOGENETICSek azido nukleikoen teknologia analitiko berriei buruz eginiko ikerketa jardueren barruan, hasieratik parte hartu du MinION de Oxford Nanopore deritzon teknologian onarrituriko sekuentziazio plataforma berriaren balidazioan. 

Resultado de imagen de minion sequencer

Oxford Nanopore Technologies-ek sekuentziazio-teknologia disruptiboa du. Horrek finkatu egiten du gure honako ideia hau, sekuentziazioaren etorkizuna nanoporoetan oinarrituta dagoela. Ideia horrek MAP programaren parte izatera eraman gintuen.

Iaz Oxford Nanopore Tech.ek USB baten tamainako lehendabiziko sekuentziadorea aurkeztu zuen sekuentziazio mugikorraçerako aukera berri bat azalduz. Sekuentziazioa hardware zein software eta erreaktibo mailan etengabeko hobekuntza prozesuan den plataforma da eta aukera berri honen aurkezpenetik, gaur egun batezbeste %85eko irakurketa eskaintzen da eta kasu konkretuetan zehaztapen handiagoa lor daiteke baita egungo kimika eta base-calling algoritmoekin ere. 

Sekuentziazio tekniketara ohituta egon ez eta MinIONek laginak zuzenean (aurre prozesamendurik gabe eta denbora errealean) sekuentzia ditzakeela uste dutenentzat esan daiteke benetan harrigarria den sistema izanik oraindik ez dagoela era horretako mirariak egiterik. Hortaz, kontu eta zehaztasu handiz estrakzioa egin behar da, purifikazioa eta liburutegien prestaketa ere bai. Baina ADNa MinIONean kargatzeko prest denean "denbora errealeko" sekuentzazioaz hitz egiteak ere interpretazio okerrak ekar ditzake teknika genomikoez ez dakitenentzat. Izan ere "lasterketan" zilegi da denbora errealean ikustea irakurketa kopurua eta berauen tamaina, besterik ez; basecallig-a (baseen determinazioa seinaletik abiatuta) eta bere kalitatearen determinazioa Metrichor bidez osteko "on-line" prozedimenduaren xede izanik. 

 

Metrichor ere kontzeptu berri batean oinarrituta dago. MinIONen mugikortasun aukerak indartzeko pentsatuta dago, betiere elkarlan inguru batean. Horrela, identifikazio taxonomikoa denbora errealean basecalling-era zilegi eginez. Bide batez, zuzenean emaitzak erreferentzia datu baseekin alderatuz, esate baterako workflows WIMP-etan (What´s In My Pot).

 

 

Egiazki MinIONek aldibereko iurakurketa (throughput) kopuru txikiagoa eskaintzen du beste plataforma batzuekin alderatuta, hala ere aipaturiko errendimendua (Mb/karrera) orekaturik geratzen da eskaini dezakeen irakurketen luzerarekin. Gainera elikagai-segurtasunerako zenbait aplikaziotarako (fingerprinting-egiazkotasuna, kualitate-qualification determinazioa eta foodborne diseasee kontrola) aukera interesgarriak eskaintzen dituen alderdia da, hori bai, trazabilitate molekularrean onarritutako aplikazioak. Trazabilitate molekularrean irakurleta luzeak (gaitasun informatibo handia eta segregaziorako ahalmerakin) izatea erabakigarria da.  

Egungo sekuentziazio masiboa (paired end) normalean irakurketa laburrekin (short-reads) burutzen da, beste alderdi batzuen artean berritasuna eta gainera soilik plataforma batzuetarako diren workflows long-read.en zailtasuna direla eta. MinIONek eskaintzen duen irakurketen luzera handiak, aldiz, aukera ematen du era erraz eta azkar batean identifikazio taxonomiko metagenomikoa espezie mailan baita kasu kriptikoetan edo konplexuetan (arrazak, aziendak, atzeragugutzatze handia, eta abar) ere, eta kualitateak (OTL-etan oinarrituta, gen kandidatoetan...). 

Teknologia harrigarria, etorkizun handiarekin, zeinaren heltze-prozesuan BIOGENETICS-ek atsegin handiz kolaboratzen duen.